Для того чтобы инсталятор увидел LVM разделы необходимо сделать вот так (должен быть подключен интернет)

sudo apt-get install lvm2
sudo vgchange -v -ay

После сего установка пройдёт в обычном режиме

затем нужно научить grub2 загружаться с раздела LVM, а для этого необходимо его настроить, будет проще если просто его переустановить

# делаем chroot
sudo mount /dev/linux/ubuntu /mnt/
sudo mount /dev/sda1 /mnt/boot/
sudo mount --bind /dev /mnt/dev
sudo chroot /mnt/
# уже в chroot сделать
passwd # смена пароля root администратор
mount /proc/
mount /sys/
update-grub2

затем нужно выйти из chroot и перезагрузиться

Источник:http://breys.ru/blog/1387.html